一六七二年牛顿加入英国皇家科学协会全国最高的科学研究协会。《原理》的出版，对全欧洲的科学界是一大震撼，引来称赞也招来攻击。虽然如此，牛顿仍在皇家科学会里提出「星球运转帽圆轨道的原理」(1676一I677年)，与"万有引力的数学证明 (1680一I684年)。牛顿的学生艾斯顿(Ast0n)后来写道:「牛顿讲话慎重、缓慢。他尽量避免意气之争，不见利忘义，不奉承人，宁愿默默忍受侮辱，也不愿披挂着一身的装甲去与人争战。牛顿说『一一个人如果控制不了自己的脾气，脾气将控制你。』引导牛顿一生的，是信仰而非起伏不定的脾气。

牛顿并非是科学研究上的常胜军。他从一六六九年至一六九一年长期研究实验化学，并没有获得什么发现，不过因此结识丁有「近代化学之父．之称的波义耳(Boyle)，两人通信长达十六年。年长敬虔的波义耳，不仅帮助牛顿研究工作，而且在牛顿遭受猛烈抨击的时候，他的榜样更坚固了牛顿的信仰。 牛顿身为一个杰出的科学家，喜欢公开表白自已的信仰，又有个不擅与人交际、喜爱独自安静工作的个性，现实的杜会对像他这种善良、单纯的人，有时是非常残酷的。

当时宗教分子攻击他有一流的科学，却有三流的神学;科学分子攻击他有一流的神学，却有三流的科学;政冶分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流;有人看他孝顺母亲又终身未婚，就中伤他心理不健令，现今还有人说牛顿有恋母情结;有人看他对学生好，轨说他有同性恋。这种种无情的攻击搞得牛顿几乎发疯。 一六九二年，日内瓦来的拜特教授大力抨击牛顿，谨称他是"伦敦先知”(Prophet of London)，说:「牛顿的万有引力定律是来自对宗教的默想，而非科学的发现，……他必须撇清，如果这是科学就不要写到上帝如何如何，如果是与上帝有关的就不要放入科学范畴。」

拜特一开炮，许多人就群起围攻牛顿。平常没有想到防备的牛顿几乎赤裸裸地站在科学的刑场上，接受无情的攻击。幸好这时有贝若(IsaacBarrow)的支持。其若是当时欧洲的光学泰斗，剑桥大学首屈一指的数学与天文教授，是少数能仔细验证牛顿数学与物理观念的人，也是一位基督徒。他找牛顿来，对这个最优秀的学生，私下给与最严格的要求。贝若要求牛顿:「回到物理学上最基木的假设，精密地验证每个假设，一次、一次又一次，几乎无止境地反覆验证，并把所有的精力都投入，以免浪费在无用的芝麻小事上。」然后贝若申请退休，让才二十七岁的牛顿接续他的职位，成为剑桥大学的教授。剑桥的教职并不是牛顿的桃花源。当时贝若的职位有多少人在背后垂涎，牛顿一接任，立刻尝到号称学术自由、独立的大学里面，众多的派系纷争、人事倾轧;喜欢安静思考、不受交际的牛顿，也被排挤成为权力圈外的边缘人。

牛顿的老友魏克金斯写下:「牛顿看起来更孤独、沈默，三十岁不到，头发已经半自。」 牛顿立志不涉入这些纠纷，他定睛永恒，不管人家怎么论断、怎么中伤他，只把努力放在科学的研究，与对基督的信仰上，而不陷入被中伤后的自怜中。牛顿写下:「我的心经常是认真与安静，不陷入忧郁。」 慢慢的，他将更深的思索与实验结果写成旷世名作《原理》(Principle一书。这本书不只记载牛顿的科学发现，也反覆提到他的「机械论」与神的关系，他说真神与假神的差别是假神没有掌管宇宙，没有不变的旨意，没有最后的判决，属于必朽坏的受造之物。

书中不断提到「掌管」(dominant)这个字，他认为这是神的属性里，最神圣又是最奇妙的，让寻求他的人可以明白;机械论就是神掌管宇宙的法则，是摆在宇宙里让人明白它能力的法则。爱因斯坦说:「宇宙里最奥秘的，就是人竟然可以去明白这个宇宙。」

牛顿在《原理》一书中写着:

如同生来瞎眼的人不了解光， 我们无法明自神的智慧与全能。 神的形像没有人看到、听到、接触到，更不是世上必朽坏的假神所能代表，…… 我们只能在袍所创造的万物中了解袍， 神仍在掌权，我们都在袍的掌管下。 而做神没有掌管的权柄，没有永远的看顾，没有创世的起初， 不过是虚无、有限，与大自然一样。……

因着神的掌权，我们称它是主(Lord)-

一六九三年九月三十日牛顿写下:我陷在极端的难过中。过去十二个月，我无心进食也无法安稳地入睡，我心动摇，无法思想。，无情攻击持续下去，一六九四年有人黑函中伤牛顿在他的旷世名著<<原理>>中， 在英国国王出面，任命他为「英国皇家协会会长」(PresidencyoftheRoya:).后，这些攻击就突然消失了。 牛顿在以后数十年，根据过去两年半受中伤的经验，坚持给科学界建立「诚实的体系」，而他木身就是最好的模范。成为一个诚实的科学家，是波义耳在死前(169１年)给牛顿及以后所有科学家最好的劝导，波义耳写道: 我老了，这该是我将所知的化学知识写下来的时候了。这些知识，有的是经过多年的实验;有的是与别人仔细讨论而得。我认为是确实的，轨尽力地写下来;有些是困难不易明白的，我尽可能的写清楚，好让后来的人能够仟细判断。我把每个研究细节一一写下，透过真实无伪的记载，将知识有效地传递下去。 但是，尽管我尽了所有的努力，我仍然无法窥得知识的全貌。现今，我把一生的成果放在你们的手中，愿你们像监赏家监定艺术品一般。在那一刻，是我呈现对人类与化学深爱的献礼。」

不让别人的错误成为自己的绊脚石，苦难并没有离开牛顿。

当时间的脚步进入十七世纪末，忽然有些基督徒自称是上帝派来的先知，到处呼喊「世界末日就要来了」。这波「世界末口说」传自法国，野火般的烧遍英国各大城。许多人起来附和，声称看到异象:有一艘满载鲜血的船在英国大街上飞过;有人说看到许多人浴血倒卧沙滩边，说这是上帝要来审判的先兆。 短时间内成千上万的贩夫走卒跟随末世先知，连皇家科学院的一些优秀科学家也趋之若赘，因为一名优秀的科学家，也可能因着对宗教的无知，而陷入异端的泥沼。

牛顿本人是基督徒，他长期的研究圣经但以理书与启示录，相信圣经里提到的这个世界有结束的一天，那是基督耶稣要来审判的时候，但是没有人知道那是哪一夭，而且面对末世正确的态度，应该是感恩多于恐惧，坦然多于逃避。因此他不赞同这些到处宣传末世的先知。他认为敬虔的信仰是在热忱中带着节 牛顿晚年名满欧洲，他老年最大的乐趣就是跟小孩一起玩。一天他对他的小侄儿讲：“我不知这个世界将来怎?看我，对我而言，我只象海滩边玩耍的男孩，偶然间发现了一粒比较圆的石头，和一枚比较漂亮的贝壳，就觉得很愉快，但是在我面前，尚未被发现的石头、贝壳仍然多如大海。”

牛顿死于一七二七年三月二十日，晚年写下：“不管任何环境下，要守住耶酥基督救赎的真理与最大的诫命－－爱人如己。”

本文采至张文亮教授的《我看到石头在唱歌》－科学大师的求学 、恋爱与理念之(三)。