一六七二年牛頓加入英國皇家科學協會全國最高的科學研究協會。《原理》的出版，對全歐洲的科學界是一大震撼，引來稱讚也招來攻擊。雖然如此，牛頓仍在皇家科學會裡提出「星球運轉帽圓軌道的原理」(1676一I677年)，與萬有引力的數學證明 (1680一I684年)。牛頓的學生艾斯頓(Aston)後來寫道:「牛頓講話慎重、緩慢。他儘量避免意氣之爭，不見利忘義，不奉承人，寧願默默忍受侮辱，也不願披掛著一身的裝甲去與人爭戰。牛頓說『一個人如果控制不了自己的脾氣，脾氣將控制你。』引導牛頓一生的，是信仰而非起伏不定的脾氣。， 牛頓並非是科學研究上的常勝軍。他從一六六九年至一六九一年長期研究實驗化學，並沒有獲得什麼發現，不過因此結識丁有『近代化學之父』之稱的波義耳(Boyle)，兩人通信長達十六年。年長敬虔的波義耳，不僅幫助牛頓研究工作，而且在牛頓遭受猛烈抨擊的時候，他的榜樣更堅固了牛頓的信仰。

牛頓身為一個傑出的科學家，喜歡公開表白自已的信仰，又有個不擅與人交際、喜愛獨自安靜工作的個性，現實的杜會對像他這種善良、單純的人，有時是非常殘酷的。

一六九二年，日內瓦來的拜特教授大力抨擊牛頓，謹稱他是"倫敦先知”(Prophet of London)，說:「牛頓的萬有引力定律是來自對宗教的默想，而非科學的發現，……他必須撇清，如果這是科學就不要寫到上帝如何如何，如果是與上帝有關的就不要放入科學範疇。」

拜特一開砲，許多人就群起圍攻牛頓。平常沒有想到防備的牛頓幾乎赤裸裸地站在科學的刑場上，接受無情的攻擊。幸好這時有貝若(IsaacBarrow)的支持。貝若是當時歐洲的光學泰斗，劍橋大學首屈一指的數學與天文教授，是少數能仔細驗證牛頓數學與物理觀念的人，也是一位基督徒。他找牛頓來，對這個最優秀的學生，私下給與最嚴格的要求。貝若要求牛頓:「回到物理學上最基木的假設，精密地驗證每個假設，一次、一次又一次，幾乎無止境地反覆驗證，並把所有的精力都投入，以免浪費在無用的芝麻小事上。」然後貝若申請退休，讓才二十七歲的牛頓接續他的職位，成為劍橋大學的教授。劍橋的教職並不是牛頓的桃花源。當時貝若的職位有多少人在背後垂涎，牛頓一接任，立刻嘗到號稱學術自由、獨立的大學裡面，眾多的派系紛爭、人事傾軋;喜歡安靜思考、不愛交際的牛頓，也被排擠成為權力圈外的邊緣人。

牛頓的老友魏克金斯寫下:「牛頓看起來更孤獨、沈默，三十歲不到，頭髮已經半自。」 牛頓立志不涉入這些糾紛，他定睛永恆，不管人家怎麼論斷、怎麼中傷他，只把努力放在科學的研究，與對基督的信仰上，而不陷入被中傷後的自憐中。牛頓寫下:「我的心經常是認真與安靜，不陷入憂鬱。」

慢慢的，他將更深的思索與實驗結果寫成曠世名作《原理》(Principle@一書。這本書不只記載牛頓的科學發現，也反覆提到他的「機械論」與神的關係，他說真神與假神的差別是假神沒有掌管宇宙，沒有不變的旨意，沒有最後的判決，屬於必朽壞的受造之物。

書中不斷提到「掌管」(dominant)這個字，他認為這是神的屬性裡，最神聖又是最奇妙的，讓尋求他的人可以明白;機械論就是神掌管宇宙的法則，是擺在宇宙裡讓人明白祂能力的法則。愛因斯坦說:「宇宙裡最奧秘的，就是人竟然可以去明白這個宇宙。」

牛頓在《原理》一書中寫著:

如同生來瞎眼的人不了解光， 我們無法明白神的智慧與全能。

神的形像沒有人看到、聽到、接觸到，更不是世上必朽壞的假神所能代表，……

我們只能在祂所創造的萬物中了解祂， 神仍在掌權，我們都在祂的掌管下。

而做神沒有掌管的權柄，沒有永遠的看顧，沒有創世的起初，

不過是虛無、有限，與大自然一樣。……

因著神的掌權，我們稱祂是主(Lord)-

一六九三年九月三十日牛頓寫下:我陷在極端的難過中。過去十二個月，我無心進食也無法安穩地入睡，我心動搖，無法思想。，無情攻擊持續下去，一六九四年有人黑函中傷牛頓在他的曠世名著<<原理>>中， 在英國國王出面，任命他為「英國皇家協會會長」(PresidencyoftheRoya:).後，這些攻擊就突然消失了。 牛頓在以後數十年，根據過去兩年半受中傷的經驗，堅持給科學界建立「誠實的體系」，而他木身就是最好的模範。成為一個誠實的科學家，是波義耳在死前(169)年)給牛頓及以後所有科學家最好的勸導，波義耳寫道: 我老了，這該是我將所知的化學知識寫下來的時候了。這些知識，有的是經過多年的實驗;有的是與別人仔細討論而得。我認為是確實的，我盡力地寫下來;有些是困難不易明白的，我儘可能的寫清楚，好讓後來的人能夠仔細判斷。我把每個研究細節一一寫下，透過真實無偽的記載，將知識有效地傳遞下去。

但是，儘管我盡了所有的努力，我仍然無法窺得知識的全貌。現今，我把一生的成果放在你們的手中，願你們像鑑賞像鑑定藝術品一般。在那一刻，是我呈現對人類與化學深愛的獻禮。」

不讓別人的錯誤成為自己的絆腳石，苦難並沒有離開牛頓。 當時間的腳步進入十七世紀末，忽然有些基督徒自稱是上帝派來的先知，到處呼喊「世界末日就要來了」。這波「世界末日說」傳自法國，野火般的燒遍英國各大城。許多人起來附和，聲稱看到異象:有一艘滿載鮮血的船在英國大街上飛過;有人說看到許多人浴血倒臥沙灘邊，說這是上帝要來審判的先兆。

短時間內成千上萬的販夫走卒跟隨末世先知，連皇家科學院的一些優秀科學家也趨之若騖，因為一名優秀的科學家，也可能因著對宗教的無知，而陷入異端的泥沼。

牛頓本人是基督徒，他長期的研究聖經但以理書與啟示錄，相信聖經裡提到的這個世界有結束的一天，那是基督耶穌要來審判的時候，但是沒有人知道那是哪一天，而且面對末世正確的態度，應該是感恩多於恐懼，坦然多於逃避。因此他不贊同這些到處宣傳末世的先知。他認為敬虔的信仰是在熱忱中帶著節制。 牛頓晚年名滿歐洲，他老年最大的樂趣就是跟小孩一起玩。一天他對他的小侄兒講：“我不知這個世界將來怎麼看我，對我而言，我只像海灘邊玩耍的男孩，偶然間發現了一粒比較圓的石頭，和一枚比較漂亮的貝殼，就覺得很愉快，但是在我面前，尚未被發現的石頭、貝殼仍然多如大海。”

牛頓死於一七二七年三月二十日，晚年寫下：“不管任何環境下，要守住耶穌基督救贖的真理與最大的誡命－－愛人如己。”

本文採至張文亮教授的《我聽見石頭在唱歌》一科學大師的求學 、戀愛與理念之(二)。